Pregl je bio podpredsjednik jugoslavenske vlade u vrijeme kad ju je vodio Ante Marković. Ostavku je dao odmah nakon proglašenja samostalnosti Slovenije i napada bivše JNA krajem lipnja 1991. godine. Tada se vratio se u Ljubljanu, izjavivši da je šokiran ponašanjem vojske, ali i niječući da je tadašnja vlada autorizirala vojnu intervenciju.
Pregl je od 1992. do 1995. godine vodio trgovačko društvo "Mercator", koje je kasnije postalo najjačih slovenski trgovački lanac.
Ante Marković, posljednji premijer SFRJ umro je u noći u ponedjeljak u Zagrebu u 87. godini.
FENA